（1）巴氏染色法：本法染色特點是細胞具有多色性顏色，色彩鮮艷多彩。涂片染色的透明性好，胞質顆粒分明，胞核結構清晰，如鱗狀上皮過度角化細胞胞質呈橘黃色；角化細胞顯粉紅色；而角化前細胞顯淺綠色或淺藍色，適用于上皮細胞染色或觀察陰道涂片中激素水平對上皮細胞的影響。此方法的缺點是染色程序比較復雜。

　　（2）瑞特—吉姆薩染色法（wrightgiemsa atain）；本方法多用于血液，骨髓細胞學檢查。胞質內顆粒與核安危質結構顯示較清晰。操作簡便。

　　（3）蘇木精—伊紅染色法（hemotoxylin eosin，HE）：該方法染色透明度好，核與胞質對比鮮明。染色步驟簡便，效果穩定。適用于痰液涂片，觖質核呈紫藍色，胞質淡玫瑰紅色，紅細胞呈淡朱紅色。

　　細胞染色的基本原理：酶標抗體與熒光色素標記抗體的染色相同，亦分直接法和間接法。直接法是將酶直接標記在每一抗體上，間接法是將酶標記在第二抗體上，檢測組織細胞內的特定抗原物質。間接法所用的抗體是對組織細胞內某種抗原的特異性抗體（80%～90%的抗血清系由家兔制得，而絕大數單克隆抗體系由小鼠制備）；第二抗體則為抗體（家兔/小鼠的IgG）的抗體。所以，只要不同的抗體均來自同一種屬，同一標記的第二抗體就能用來顯示其不同特異性抗原的存在，這樣可避免了直接法中標記每一種抗體的麻煩，并且提高了方法的敏感度。目前的ICC染色中，以間接法為常用。